蒸餾過程：物料從短程分子蒸餾設備的頂部加入，經轉子上的料液分布器將其連續均勻地分布在加熱面上，隨即刮膜器將料液刮成一層很薄、呈湍流狀的液膜，并以螺旋狀向下推進。在此過程中，從加熱面上逸出的輕分子，經過短的路線和幾乎未經碰撞就到內置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通過位于蒸發器底部的出料管排出；殘液即重分子在加熱區下的圓形通道中收集，再通過側面的出料管中流出。

       為使得短程分子蒸餾設備能夠正常運行，需要達到以下幾點要求：

       1、殘余氣體的分壓須很低，使殘余氣體的平均自由程長度是蒸餾器和冷凝器表面之間距離的倍數。

       2、在飽和壓力下，蒸汽分子的平均自由程長度須與蒸發裝置和冷凝器表面之間距離具有相同的數量級。在這此理想的條件下，蒸發在沒有任何障礙的情況下從殘余氣體分子中發生。所有蒸汽分子在沒有遇到其它分子和返回到液體過程中到達冷凝器表面。蒸發速度在所處的溫度下達到可能的較大值。蒸發速度與壓力成正比，因而，分子蒸餾的餾出液量相對較小。

       在大中型蒸餾中，冷凝器和加熱表面之間的距離約為20~50mm，殘余氣體的壓力為10-3mbar時，殘余氣體分子的平均自由程長度約為2倍長。短程分子蒸餾設備能滿足分子蒸餾的所有條件。